Vor dem Umgang mit Gefahrstoffen ist grundsätzlich zu prüfen, ob nicht ein weniger gefährliches Produkt eingesetzt werden kann, das die gleiche Wirkung erzielt (§ 6 (1) Ziffer 4 GefStoffV).

Bei der Flächendesinfektion sind folgende Fragestellungen hilfreich:
- Ist eine Reinigung der Flächen (statt Desinfektion) hygienisch ausreichend?
- Können verdünnte, anwendungsfertige Produkte statt der Konzentrate eingekauft werden?
- Kann auf Produkte mit sensibilisierenden Wirkstoffen (z. B. Formaldehyd, Glutaraldehyd) verzichtet werden?
- Kann auf Produkte mit flüchtigen Wirkstoffen verzichtet werden?
- Kann das „ätzende“ Konzentrat durch ein „reizendes“ ersetzt werden?
Dies sind nur wenige Beispiele, wie das Risiko beim Umgang mit Desinfektionsmitteln reduziert werden kann. Bei der Ersatzstoffprüfung sollten neben der Hygienefachkraft bzw. dem Krankenhaushygieniker unbedingt die Arbeitsschutzexperten (Betriebsärztin/Betriebsarzt und Fachkraft für Arbeitssicherheit) einbezogen werden.
Von entscheidender Bedeutung ist es auch, bei der Ersatzstoffprüfung den gesamten Markt und nicht etwa nur das Angebot eines Herstellers oder Anbieters zu betrachten, da sich hier oft keine Alternativen finden.
Für die Ersatzstoffprüfung wurden inzwischen standardisierte Verfahren wie etwa der sogenannte GISCODE für Reinigungs- und Pflegemittel oder das Spaltenmodell entwickelt, die die Bewertung der Produkte erleichtern.
Die Ersatzstoffprüfung ist zu dokumentieren. Konnte ein gefährlicher Stoff nicht durch einen weniger gefährlichen ersetzt werden, so muss dies in der Dokumentation nachvollziehbar begründet sein.
Die Eigenschaften der Inhaltsstoffe von Desinfektionsmitteln (und anderen Produkten) können in der GESTIS-Stoffdatenbank nachgeschlagen werden.
Eine gefahrstoffbezogene Produktübersicht für Desinfektionsmittel zur objektiven Einschätzung der gefährlichen Eigenschaften bietet die BGW Datenbank Desinfektionsmittel.